O Simpósio sobre o Estado das Plantas e Fungos do Mundo (SOTWPF) foi construída em torno de um tema simples, porém enorme: a Revolução Digital da Biodiversidade. O relatório SOTWPF A obra reúne contribuições de mais de 400 especialistas de mais de 170 instituições em 40 países. Foi lançada também como parte da coleção especial da New Phytologist Foundation. Aproveitando os benefícios da digitalização de amostras, que inclui mais de 50 contribuições de cientistas de 38 países.
O simpósio de três dias foi transmitido ao vivo, mas a experiência presencial foi bem diferente. A revolução digital da biodiversidade acontecia nos corredores e no auditório do Laboratório Jodrell de Kew, entre filas para o café, pôsteres, visitas ao herbário e ao fungário, e intervalos ao ar livre à beira do lago com nenúfares em flor.
A Botany One tinha uma barraca repleta de doces, algumas frutas inesperadas e um sorteio de um conjunto de LEGO Bonsai para os assinantes da newsletter. Ao lado da nossa barraca, Max Communications Estavam demonstrando sua estação de trabalho de digitalização, incluindo uma câmera Fujifilm de 100 megapixels avaliada em mais de £5,000. Fiz uma breve piada sobre distrair a equipe e fugir com ela, que terminou quando nos disseram que a câmera tinha seu próprio sistema de rastreamento de segurança.
Nos arredores do Laboratório Jodrell durante o Simpósio SOTWPF: Hugh Dickinson, do Annals of Botany Empresa, Juniper Kiss, editora convidada da Botany One, e Alun Salt no estande da Botany One; sessões de pôsteres; e Alan Paton apresentando o projeto de digitalização de Kew. Fonte: Juniper Kiss
Eu tenho acompanhou os eventos online anteriores sobre o Estado das Plantas e Fungos no MundoMas a transmissão ao vivo não consegue reproduzir as conversas ao lado dos pôsteres, tomando café ou depois de uma visita ao herbário, ao fungário ou aos jardins. A comida era à base de plantas, naturalmente. As apresentações relâmpago capturaram melhor a energia do evento: 60 segundos, cartão amarelo, cartão vermelho, sinal. Acredito que a maioria das reuniões melhoraria se fosse conduzida dessa forma.
Botany One's Edição especial sobre botânica digital Estivemos debatendo muitas das mesmas questões ao longo do mês. Abordamos as realidades práticas da busca por plantas, dicas e truques de digitalização, o que as coleções podem revelar e a relação entre ferramentas globais e ações locais. O simpósio pareceu reunir todos esses temas em um só lugar, com mais café e muitos cientistas generosos compartilhando diferentes abordagens em busca de um objetivo comum.
A minha principal conclusão foi que a revolução digital da biodiversidade é real e inspiradora. Milhões de coleções subutilizadas estão sendo digitalizadas em todo o mundo. Mas se essa revolução avançar mais rápido do que a verificação da proveniência, o consentimento, a capacitação, a partilha de benefícios e o financiamento a longo prazo, corre o risco de transformar as coleções em mais uma infraestrutura extrativista. As discussões deixaram clara a promessa técnica; também deixaram em aberto a questão mais complexa de como as instituições com recursos abundantes apoiarão as com recursos escassos sem obterem mais valor do que o que recebem em troca.
A discussão presencial do workshop abordou as próximas prioridades da comunidade: digitalizar mais acervos, aprimorar os dados existentes, financiar a infraestrutura local, capacitar pessoas ou gerenciar registros sensíveis. Não saí com uma resposta definitiva, principalmente sobre quem financiará o trabalho mais lento e como instituições com muitos recursos darão suporte a acervos com poucos recursos. Essa incerteza merece ser mencionada, pois está na base de toda a revolução. Embora todos os resumos e gravações do simpósio estejam disponíveis online, aqui estão alguns dos destaques.
Dia 1: Dos espécimes à ação de conservação
Um dos primeiros exemplos veio de Marianne Leroux, a partir de da Instituto Nacional de Biodiversidade da África do Sul (SANBI), com Erica verticillataEssa espécie da região de Cape Flats foi extinta na natureza durante a primeira metade do século XX, após a expansão urbana e o desenvolvimento agrícola. Coleções de herbário ajudaram os conservacionistas a reconstruir onde ela crescia e que tipo de habitat necessitava. Coleções de espécimes vivos, então, ajudaram na sua reintrodução.
Durante sua apresentação, Leroux afirmou: "Embora a ligação entre espécimes individuais e políticas públicas possa parecer distante, essa ligação é real e jamais deve ser subestimada."
Esse é o caminho de impacto mais direto da digitalização. Uma etiqueta de espécime pode se tornar uma lista de verificação. Uma lista de verificação pode se tornar uma lista vermelha. Uma lista vermelha pode se tornar uma decisão política. Uma decisão política pode determinar se uma área de habitat será protegida ou urbanizada. Isso não é nostalgia por antigas coleções. São evidências circulando pelo mundo.
A mesma sessão passou dos herbários para as coleções microbianas e fúngicas. André Yurkov, do Instituto Leibniz DSMZ, destacou que as coleções microbianas são “um mundo completamente diferente”. Basta dar uma olhada em Informações sobre a cepaNão são apenas rótulos e imagens. Incluem cepas viáveis, culturas, sequências, condições de crescimento, dados metabólicos, nomes, identificadores, restrições de patentes e, às vezes, Protocolo de Nagoya or Convenção sobre Diversidade Biológica (CBD) limites de acesso vinculados. Para fungos, o problema se torna ainda mais difícil: um espécime, uma cultura viva, uma sequência ambiental e uma fotografia do iNaturalist podem se referir ao mesmo organismo, mas estar em sistemas diferentes.
Então Hannah McPhersonA palestra de [nome do palestrante] sobre a Australásia mostrou a digitalização como uma colaboração de longa data, e não como um projeto isolado. Herbário Virtual da Australásia começou como uma colaboração entre herbários australianos e agora está conectada ao Atlas da Vida na Austrália e GBIF. McPherson descreveu coleções individuais que variam de 16,000 a 1.6 milhão de espécimes, com o sistema de bancos de dados australiano muito mais avançado em termos de imagens, enquanto o sistema de imagens da Nova Zelândia está muito mais desenvolvido. Ela destacou muitas ferramentas e bancos de dados da Austrália (por exemplo, GBIF). AusTraits, Hespi, SpeciMate), e como também estão facilitando a preservação do conhecimento cultural, proporcionando oportunidades para o manejo de espécimes com base em critérios culturais e a repatriação do conhecimento. Como disse McPherson, “algo coletado ontem, algo coletado há centenas de anos” pode ajudar a reconstruir o panorama global.
Um de seus exemplos mais memoráveis foi “Pego por Dan”. A frase aparece em espécimes coletados por George Caley, o primeiro botânico nomeado pelo governo em Sydney, quando trabalhava com os detentores do conhecimento das Primeiras Nações. Daniel MoowattinEssas etiquetas fazem mais do que simplesmente apontar para as plantas. Elas ajudam a recuperar uma história de coleta, linguagem e reconhecimento. Também mostram por que a digitalização pode ser uma forma de reparação, se feita com cuidado. Uma imagem de espécime sem esse contexto seria muito mais pobre.
Carlos Jaramillo'S PólenGeo a palestra destacou as maravilhas de palinologiaO pólen é praticamente indestrutível, extremamente variado e útil na autenticação do mel, em alergias, em ciência forense, arqueologia, exploração de petróleo e paleoecologia. Ele pode nos dizer por onde as abelhas passaram, por onde um corpo pode ter viajado, como os humanos se deslocaram pela Europa e como era a Amazônia milhões de anos atrás. O trabalho de Jaramillo conecta a digitalização robótica de lâminas com redes neurais treinadas em pólen neotropical. Uma lâmina pode levar cerca de 12 minutos para ser digitalizada e gerar um arquivo de aproximadamente 20 a 25 GB, transformando um trabalho que antes exigia horas ao microscópio em um fluxo de trabalho automatizado. ÔMERO, Arquivo de BioImagensBancos de dados MySQL, servidores, microscópios, estações de trabalho e computadores para processamento de IA.
A palestra de Jaramillo também rendeu uma das melhores citações técnicas do simpósio.
“Eu faço isso há uns 35 anos, e usamos imagens o tempo todo, mas eu realmente não sabia o que era uma imagem até começar este projeto.”
Por exemplo, faça tua conhecer a diferença entre JPEG e PNGUma imagem digital não é apenas algo bonito na tela. Ela é composta por pixels, planos focais, formatos de arquivo, compressão, metadados, cor, resolução e informação. Isso é importante porque as coleções agora estão sendo preparadas tanto para máquinas quanto para pessoas.
Dia 2: De espécimes de herbário a coordenadas e características
Damon LittleA palestra de Sòlarsteinn abordou esse mesmo problema no contexto da linguagem. Sòlarsteinn é um sistema de IA para georreferenciamento de etiquetas de espécimes. Ele começou com o objeto por trás do nome: um objeto da era Viking. sunstone que divide a luz em dois feixes e pode ajudar a encontrar o sol em dias nublados. Foi uma boa metáfora. Uma etiqueta de herbário também é uma ferramenta de navegação, mas uma ferramenta confusa.
Uma etiqueta pode conter o nome antigo de um lugar, uma abreviação de colecionador, uma estação ferroviária que não existe mais ou uma frase como "perto" ou "ao redor" que precisa se transformar em coordenadas. O sistema de Little não foi apresentado como um truque mágico de calculadora. Ele se lembrava de como esse projeto começou. "Use uma calculadora", disseram. "Vai funcionar", disseram. Isso foi seguido por um suspiro e uma risadinha discreta. A arquitetura em si era muito mais cuidadosa: GBIF e iDigBio Dados de treinamento e teste, tokenização SentencePiece, 4,096 IDs de tokens, Núcleo de Darwin saídas, coordenadas esféricas, mecanismos de atenção e uma função de perda personalizada usando a distância ortodrômica ao redor da Terra.
Transformar espécimes de herbário centenários em dados "prontos para IA" não é um slogan. É o trabalho de transformar uma linguagem histórica irregular em evidências estruturadas de biodiversidade. O trabalho mais amplo de Little também inclui... Conjunto de dados do Herbário para o Desafio Meio Planeta de 2021, o que ajudou a criar um conjunto de dados de treinamento amplo e diversificado para o reconhecimento automático de táxons a partir de folhas de herbário.
Em seguida, Jeannine Cavender-Bares, dos Herbários da Universidade de Harvard, levou a digitalização além das etiquetas e imagens RGB. Sua palestra sobre espectros de refletância de herbário mostraram como os espécimes podem conter informações sobre a estrutura, a química, a função e a filogenia das plantas. No relatório, ela explica que os fótons na faixa visível nos permitem ver as cores, enquanto os comprimentos de onda do infravermelho próximo e do infravermelho de ondas curtas carregam informações sobre “a estrutura, a química e muitos outros aspectos da morfologia das plantas”. No entanto, a metodologia ainda é delicada, pois diferentes instrumentos, planos de fundo, configurações ópticas e metadados ainda precisam ser padronizados. Grupo de trabalho iHerbSpec Está tentando construir protocolos compartilhados antes que conjuntos de dados espectrais incompatíveis se multipliquem.
Os fungos, finalmente em foco.
Os fungos foram tema recorrente no simpósio, servindo como mais um lembrete do que ainda está faltando. Ester Gaya'S Projeto de Sequenciamento de Fungário O projeto utiliza espécimes-tipo históricos de fungos como evidência genômica. O objetivo é caracterizar molecularmente 7,000 espécimes-tipo para uso público, provenientes de coleções que, juntas, reúnem mais de 1.8 milhão de espécimes de fungos e cerca de 61,000 espécimes-tipo. Na apresentação de Ester, o ponto principal foi que o sequenciamento de material-tipo não se limita a adicionar DNA a espécimes antigos; ele pode ajudar a estabilizar nomes de fungos, conectar coleções históricas a filogenias modernas e tornar os fungos mais úteis em pesquisas de conservação e biodiversidade.
Larissa Trierveiler Pereira A discussão sobre a diversidade fúngica do Brasil tornou visível o outro lado do problema. O Brasil possui uma importante infraestrutura nacional de dados sobre plantas, incluindo o Flora e Fungo do Brasil Na plataforma REFLORA, os fungos muitas vezes ficam atrás das plantas em termos de participação, monografias, listas de endemismo e uso para conservação. Pereira descreveu seu trabalho com fungos gasteroides estranhos e coloridos — “bastante bizarros, por isso os adoro” — e também mostrou como os dados de espécimes, os registros do GBIF e as plataformas nacionais são necessários para inserir os fungos nas Listas Vermelhas e nas políticas de conservação. Sua apresentação também demonstrou que os dados podem sair das coleções e se transformar em legislação: O Brasil agora possui uma lista nacional oficial de espécies de fungos ameaçadas de extinção., conferindo proteção legal e restrições à coleta, transporte, armazenamento, gestão e comercialização de fungos listados. Ela também usou Rickiella edulis, o “cogumelo queijo suíço”, como um exemplo concreto de como dados de espécimes, levantamentos de campo, caracterização molecular, conservação ex situ e divulgação pública podem ser reunidos para a conservação de fungos.
Os cartazes também mostravam o quanto ainda permanece guardado a sete chaves: Madagascar possui mais de 3,000 espécimes de fungos, mas uma parcela significativa está perdida, mal conservada ou armazenada em fungários estrangeiros, principalmente na Europa. A digitalização pode remover algumas barreiras geográficas, mas não pode fazer com que essas barreiras nunca tenham existido.
Quando herbários silenciosos falam
Daniel Zhigilapalestra de herbários silenciosos Recebeu provavelmente a salva de palmas mais longa durante o simpósio. Seu ponto de partida foi simples: um espécime em um armário empoeirado pode ser tão importante cientificamente quanto um que esteja em um portal digital impecável. Depois de trabalhar nos herbários da Universidade de Harvard, onde podia visualizar espécimes bem preservados online, ele retornou à Nigéria e visitou o herbário de sua alma mater.
Ali, em salas “antigas, empoeiradas e dilapidadas”, ele encontrou “espécimes muito bonitos e valiosos” que estavam escondidos da ciência global da biodiversidade. Seu objetivo não era comparar os herbários de Harvard e da Nigéria, mas sim questionar por que um conjunto de espécimes podia falar ao mundo enquanto o outro permanecia inaudível. Como ele mesmo disse, essas coleções “estão silenciosas não porque não tenham nada a dizer, mas… porque a ciência global não tem ouvidos para ouvi-las”.
Os números tornam esse silêncio difícil de ignorar. Zhigila e colegas Foram encontrados cerca de 53 herbários na Nigéria, porém mais de 70% não estavam registrados em diretórios globais como... Index HerbariorumCerca de 30% haviam feito algum esforço para digitalizar localmente, geralmente em laptops, desktops ou discos rígidos externos, mas apenas cerca de 5% haviam carregado espécimes ou metadados online. A consequência disso é demonstrada através de Cnestis ferruginea, uma planta medicinal. Os modelos de distribuição de espécies baseados apenas em espécimes mantidos fora da Nigéria apresentaram uma distribuição muito menor do que os modelos que utilizaram espécimes nigerianos do próprio país.
A frase final de um dos slides resumia tudo perfeitamente: “Cada espécime tem uma voz. Vamos garantir que ela seja ouvida.” Essa é a versão de digitalização pela qual vale a pena lutar: não a extração de dados de locais silenciosos, mas o investimento que permite aos países construir, preservar e usar suas próprias evidências botânicas.
As sessões de pôsteres enfatizaram esse ponto repetidamente. O trabalho de digitalização do Zimbábue mostrou o que a priorização estratégica, o desenvolvimento de capacidades e as parcerias podem alcançar mesmo com recursos limitados. O trabalho da Etiópia com o GBIF demonstrou como o aprimoramento de capacidades pode mobilizar dados de herbário e de ocorrência de regiões sub-representadas, apoiar avaliações da Lista Vermelha, modelagem de distribuição de espécies e relatórios nacionais.
A Parte 2 continua no Dia 3, onde o simpósio passou de métodos e infraestrutura para autoridade, compartilhamento de benefícios, licenças abertas e IA.
Ler mais
. Simpósio sobre o Estado Mundial das Plantas e Fungos - programa, gravações e contexto do simpósio
. Relatório sobre o Estado das Plantas e Fungos no Mundo em 2026 - o relatório por trás do simpósio
. Nova coleção especial da Fundação Phytologist: Aproveitando os benefícios da digitalização de espécimes - artigos interligados entre a New Phytologist e a Plants, People, Planet
. Edição especial de botânica da Botany One Digital. - a edição especial que acompanhou o simpósio
• Artigo da PollenGeo: Jaramillo, C., Punyasena, S., de Alba, D., Alveo, R., Arcila, A., Bermudez, J., Bustos, J., Caballero‐Rodriguez, D., Cárdenas, K., Caro, D., Carvajal, F., Castañeda, I., Chaves, S., D'Apolito, C., Diaz‐Jaramillo, A., Diaz, L., Gomez, L., León‐Carreño, M., Lopera, P., Lopez, M., Lopez, P., Mander, L., Murcia, J.Moreno, C., Moreno, E., Neyra, E., Orosco, B., Ortiz, J., Ossa, N., Ovalle, N., Ovalle, C., Plata, A., Romero, I., Scudeiro, B., da Silva Caminha, S., Tejada‐Fajardo, A., Do Valle, V. e Madeira, T.(2025) Digitalização de coleções para desbloquear todo o potencial da palinologia: um estudo de caso com a coleção de palinologia do Smithsonian. PLANTS, PEOPLE, PLANET, 8(4), pp. 1116-1131. Disponível em: https://doi.org/10.1002/ppp3.70073.
• Artigo de espectros de herbário de próxima geração: Cavender‐Bares, J., Branco, D., Ahlstrand, N., Austin, M., Bastianelli, D., Bazan, S., Boughalmi, K., Cardeal‐McTeague, W., Chacón‐Madrigal, E., Couvreur, T., Davis, C., Durgante, F., Graça, O., Guzmán Q., J., Hansen, K., Hernández‐Leal, M., Hopkins, M., Jackson, R., Kothari, S., Lee, A., Léveillé‐Bourret, É., Pinto‐Ledezma, J., Quinteros Casaverde, N., Meireles, J., Neto‐Bradley, B., Nicolau, C., Ree, R., Schmull, M., Soltis, D., Soltis, P., Tuomisto, H., Ustin, S. e Vasconcelos, C. (2025) Digitalização de espécimes de próxima geração: captura de espectros de refletância de herbários do mundo para modelagem da biologia vegetal ao longo do tempo, espaço e táxons. New Phytologist, 251(2), pp. 645-665. Disponível em: https://doi.org/10.1111/nph.70645
• Artigo sobre herbários silenciosos: Zhigila, D., Schmidt‐Knapik, R., Thiers, B., Abdul, S., Abdullahi, S., AbdulRahaman, A., Aigbokhan, E., Ajibade, G., Ajikah, L., Akomaye, F., Ayodele, A., Azila, J., Babale, A., Bello, A., Chukwuma, D., Chukwuma, E., Dadile, A., Ekeke, C., Finian, I., Folorunso, A., Gbenga, A., Haruna, M., Ibrahim, J., Kolawole, O., Liman, A., Mbagwu, F., Namadi, S., Njom, V., Nodza, G., Nwafor, F., Nwankwo, O., Obadias, C., Oloruntoba, B., Sawa, F., Tumba, Y., Umar, M., Usen, E., Wabili, M. e Davis, C. (2025) A ciência da biodiversidade é aprimorada quando herbários silenciosos falam. PLANTAS, PESSOAS, PLANETA, 8(4), pp. 1378-1386. Disponível em: https://doi.org/10.1002/ppp3.70091.
