Uma grande e duradoura controvérsia na evolução das coníferas diz respeito às relações filogenéticas na subfamília Cupressoideae (Cupressaceae) entre Juniperus, Cupressus e Hesperocyparis-Callitropsis-Xanthocyparis (HCX). Mao et al. reconstruir suas relações filogenéticas usando dados transcriptoma.

Todos os métodos de construção de árvores fornecem forte suporte para o relacionamento (HCX, (Juniperus, Cupressus)), apesar de conflitos fortemente apoiados entre árvores genéticas individuais. A divergência evolutiva rápida e a classificação incompleta da linhagem provavelmente atuaram juntas como fonte de inferências filogenéticas conflitantes entre árvores genéticas e entre nossos resultados robustos e estudos publicados recentemente. As análises subsequentes fornecem uma imagem mais clara da história biogeográfica, mas com pequenas alterações nos esforços anteriores de datação molecular.