Ciência Compartilhada: 26 de setembro

Aqui estão os vinte artigos científicos mais compartilhados/curtidos/publicados da nossa pesquisa desta semana. Uma citação de Henri Poincaré me veio à mente esta semana: "A ciência é construída de fatos, assim como uma casa é construída de pedras; mas um acúmulo de fatos não é mais ciência do que um monte de pedras é uma casa." O segundo artigo mais compartilhado desta semana é antigo, de 2009, mas parece que as pessoas precisam ser lembradas de que a ciência é mais do que dados. Como de costume, os artigos que estão atrás de um paywall são marcados com 💰; caso contrário, o acesso é gratuito no momento da verificação.

1. Hormônios peptídicos vegetais: três décadas de descobertas e paradigmas emergentes
Torii, KU · Fisiologia vegetal · 1 publicação · 60 curtidas · 22 republicações em Bluesky

Nesta revisão, destaco famílias selecionadas de hormônios peptídicos, como Systemin, PSK, INFLORESCENCE DEFICIENT IN ABSCISSION (IDA)/IDA-LIKES, CLAVATA3/EMBRYO SURROUNDING REGION (CLE) e EPIDERMAL PATTERNING FACTORs (EPF)/EPF-LIKES, e discuto como as descobertas individuais dos peptídeos e seus receptores cognatos moldaram os conceitos emergentes na sinalização de peptídeos em plantas.

Professora Keiko Torii @keikoutorii.bsky.social · no Bluesky

Tenho orgulho de compartilhar minha análise, sem auxílio de IA, intitulada "Hormônios Peptídicos Vegetais: Três Décadas de Descoberta e Paradigmas Emergentes", para a edição do centenário de
@plantphys.bsky.social 🌱🍅. É de acesso aberto, então todos podem acessar! 1/
academic.oup.com/plphys/advan...

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2. O fim da teoria na ciência?
Pigliucci, M. · Os Relatórios da EMBO · 1 publicação · 52 curtidas · 16 republicações em Bluesky

O filósofo Ludwig Wittgenstein (1889–1951) disse, certa vez, que “sobre aquilo de que não se pode falar, deve-se calar”. Embora seu conselho tenha sido dado em um contexto específico, trata-se, na verdade, de um bom conselho geral, como afirmou Chris Anderson, editor-chefe de Wired revista, faria bem em prestar atenção. Em 23 de junho de 2008, Anderson publicou um artigo sobre Wired's O artigo dele, intitulado "O fim da teoria: o dilúvio de dados torna o método científico obsoleto", deixa perfeitamente claro que ele não entende muito de ciência nem do método científico.

Discutido no Bluesky por @bjenquist.bsky.social.

3. Um método de marcação por proximidade baseado em TurboID para detecção de interações proteicas extracelulares em plantas.
Qutb, AM, Szymansky, CM, Chaleiras, GJ · bioRxiv · 1 publicação · 15 curtidas · 12 republicações em Bluesky

Neste estudo, desenvolvemos e validamos uma estratégia de fotoluminescência (PL) baseada em TurboID para investigar interações proteicas no apoplasto foliar, utilizando a interação bem caracterizada entre o elicitor INF1 de Phytophthora infestans e a proteína receptora (RLP) REL em Nicotiana benthamiana. A expressão transitória de SP-INF1-TurboID (INF1-T) induziu uma resposta de morte celular (MC) comparável àquela desencadeada pelo INF1 nativo, demonstrando que a fusão da etiqueta TurboID não prejudicou o reconhecimento do INF1 pela REL.

4. Análises filogenômicas nucleares e plastidiais em larga escala fundamentam uma classificação atualizada do Grupo de Filogenia das Angiospermas: APG V
Byng, JW e outros. Jornal de Sistemática e Evolução · 2 publicações · 15 curtidas · 9 republicações em Bluesky

Apresentamos aqui uma revisão da classificação APG que considera as extensas análises recentes de centenas de genes nucleares e plastidiais de muitas espécies de angiospermas. Embora as versões anteriores da classificação APG fossem baseadas principalmente em marcadores herdados uniparentalmente (DNA plastidial, tipicamente herdado maternalmente), desde a APG IV surgiram amplas evidências de hibridização generalizada e herança de polimorfismos ancestrais.

5. Efeitos de invertebrados e do ambiente local nas taxas de decomposição da biomassa vegetal e animal morta ao longo de um gradiente de altitude.
Guo, C. e outros. Monografias Ecológicas · 1 publicação · 15 curtidas · 9 republicações em Bluesky

Neste estudo, quantificamos como a altitude, como indicador do macroclima, e as condições locais (microclima, vegetação, solo) interagem para afetar as taxas de decomposição e os efeitos dos invertebrados em diferentes tipos de necromassa. Realizamos um experimento abrangente de decomposição, incluindo cinco tipos de necromassa vegetal ou animal (carne morta, esterco, folhas, madeira de faia e madeira de abeto) ao longo de um gradiente altitudinal (600–2000 m acima do nível do mar) nos Alpes alemães.

Rupert Seidl @rupertseidl.bsky.social · no Bluesky

Existe um padrão geral de decomposição em diferentes substratos? Testamos isso em um experimento com variação de altitude, estudando carniça, esterco, folhas e madeira. Encontramos padrões de decomposição idiossincráticos, com as condições locais sendo mais importantes do que o macroclima. @sebseibold.bsky.social doi.org/10.1002/ecm....

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6. Manutenção da variação genética quantitativa em regiões de recombinação restrita por meio de sobredominância associativa.
Zhao, Y. et al. · bioRxiv · 1 publicação · 17 curtidas · 7 republicações em Bluesky

Neste estudo, demonstramos que QTLs fracamente selecionados, ligados a regiões genômicas que exibem AOD (acidente vascular cerebral), podem elevar a VA (acuidade visual) acima do esperado na ausência de mutações incondicionalmente deletérias.

7. A adoção de culturas geneticamente modificadas apoia o aumento da produtividade e o cultivo em um contexto de mudanças climáticas. 💰
Dong, CY e outros. Mudanças Climáticas Natureza · 1 publicação · 16 curtidas · 7 republicações em Bluesky

Neste estudo, realizamos uma análise espacial em nível nacional nos EUA sobre os impactos da adoção de culturas geneticamente modificadas (GM) nas últimas quatro décadas, demonstrando que essa adoção está amplamente associada a benefícios em termos de produtividade. Observamos maiores rendimentos e menor volatilidade na produtividade do milho e da soja, com atenuação parcial dos efeitos climáticos adversos sobre a produtividade, e efeitos mais modestos para o algodão de terras altas, o que implica que o desenvolvimento de culturas GM e as forças associadas aprimoraram a resiliência ao estresse induzido pelo clima.

PlantEvolution 🌱🌾 @plantevolution.bsky.social · no Bluesky

As culturas transgênicas convencionais apresentam benefícios inesperados diante das mudanças climáticas: menor volatilidade na produção, menos perdas relacionadas ao clima e até mesmo uma desaceleração na migração da produção de milho e soja dos EUA para o norte.
#catástrofeclimática
www.nature.com/articles/s41...

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8. Uma história de dois reinos: o processamento espacial da fitocitocina Zip1 do milho.
Khan, M. · Fisiologia vegetal · 1 publicação · 13 curtidas · 7 republicações em Bluesky

As plantas dependem de uma comunicação intercelular sofisticada para perceber mudanças ambientais e coordenar respostas apropriadas. Entre as moléculas de sinalização envolvidas nesses processos estão as fitocitocinas, um grupo diverso de pequenos peptídeos derivados de plantas que regulam o crescimento, o desenvolvimento e as respostas ao estresse..

9. Um SNP não codificante em ELF3 idade ELF3β expressão e confere adaptação da Arabidopsis a um clima continental
Buckley, CR e outros. Fisiologia vegetal · 1 publicação · 13 curtidas · 6 republicações em Bluesky

Os relógios circadianos das plantas regulam o momento de processos fisiológicos e de desenvolvimento que determinam o crescimento, a reprodução e a fenologia sazonal. Consequentemente, a variação natural nos genes do relógio pode influenciar diretamente a adaptação local, mas os componentes do relógio que já foram alvo da seleção ainda não estão claros. Descobrimos que a variação natural no gene central do relógio EARLY FLOWERING 3 (ELF3) determina a duração do período circadiano e foi selecionada em climas quentes e sazonais.

10. Mecanismos genéticos subjacentes às alterações no desenvolvimento floral mediadas pela temperatura
Laitinen, RAE, Elomaa, P. · Revista de Botânica Experimental · 1 publicação · 12 curtidas · 6 republicações em Bluesky

Esta revisão reúne o conhecimento atual sobre os efeitos da temperatura nas características florais e explora os genes e mecanismos subjacentes às alterações no desenvolvimento floral mediadas pela temperatura. Destacamos as respostas específicas de cada característica e consideramos as consequências adaptativas da variação dessas características mediada pela temperatura.

Revista de Botânica Experimental @jxbotany.bsky.social · no Bluesky

🌸🌡️ AVALIAÇÃO DO DARWIN 🌡️🌸

Laitinen e Elomaa revisam o conhecimento atual sobre a influência das mudanças de temperatura na regulação genética das características do desenvolvimento floral e sua plasticidade, bem como suas implicações para a adaptação e resiliência das plantas.

🔗 doi.org/10.1093/jxb/...

#CiênciaDasVegetais 🧪

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11. Biossensores revelam dinâmicas distintas de pH citosólico e redox em plântulas em resposta a sinais de perigo e infecção por patógenos.
Mais. e outros. Revista de Botânica Experimental · 1 publicação · 11 curtidas · 6 republicações em Bluesky

Utilizando biossensores geneticamente codificados (GEBs), monitoramos o pH citosólico e a dinâmica redox em plântulas inteiras de Arabidopsis com resolução espaço-temporal. Tratamentos globais com diversos sinais de perigo induziram inicialmente acidificação e oxidação citosólicas nas raízes, seguidas pelos pecíolos e, posteriormente, pelo hipocótilo, revelando responsividade específica de cada órgão e um gradiente de resposta bidirecional. Em contraste, Pseudomonas syringae pv. tomato (Pto) DC3000 induziu alcalinização citosólica sustentada e suprimiu as respostas redox em brotos inoculados, mesmo quando co-tratados com PAMPs.

12. O transcriptoma de célula única revela as vias moleculares dos genes MADS-box no desenvolvimento do óvulo do milho. 💰
Li, Y. e outros. A célula vegetal · 1 publicação · 8 curtidas · 7 republicações em Bluesky

Neste estudo, a análise transcriptômica de células individuais revelou que ZmMADS8/14 regula a especialização das células do óvulo e que estruturas semelhantes a ramos estão associadas à terminação defeituosa do meristema floral e à proliferação aumentada de células epidérmicas do óvulo no mutante mads8;14.

13. Condensados ​​biomoleculares no estresse e desenvolvimento vegetal: avanços recentes e conceitos emergentes
Maruri-López, I. e outros. Revista de Botânica Experimental · 1 publicação · 10 curtidas · 6 republicações em Bluesky

Neste trabalho, sintetizamos o conhecimento atual sobre as funções dos condensados ​​no desenvolvimento vegetal e nas respostas ao estresse, com foco na Arabidopsis thaliana, onde os conhecimentos mecanísticos são mais avançados.

14. A cutícula multicamadas subjacente à coloração estrutural das algas vermelhas compartilha características com a matriz extracelular dos metazoários. 💰
Filipe, G. e outros. Proceedings, da Academia Nacional de Ciências · 1 publicação · 9 curtidas · 6 republicações em Bluesky

Neste estudo, utilizamos abordagens integradas de genômica, transcriptômica, proteômica e metabolômica, juntamente com a análise do perfil de carboidratos, para determinar a composição da cutícula multicamadas da alga vermelha. chondrus crispus e avaliar sua conservação evolutiva.

15. A diminuição simultânea do crescimento e da ramificação fina sinaliza o início da mortalidade da faia europeia induzida pela seca.
Schmied, G. e outros. New Phytologist · 1 publicação · 8 curtidas · 6 republicações em Bluesky

Secas severas e recorrentes causaram declínio generalizado da copa e mortalidade em florestas europeias. A mortalidade induzida pela seca ocorre quando danos estruturais e disfunções fisiológicas comprometem a capacidade de recuperação da árvore, mas ainda não está claro quando as árvores passam do estresse reversível para a perda irreversível de vitalidade em nível de árvore inteira. Combinamos informações detalhadas sobre a arquitetura de ramificação fina, derivadas de escaneamento a laser terrestre, com dados de crescimento radial de 174 árvores para avaliar como o declínio estrutural e de crescimento se relaciona com a mortalidade induzida pela seca em faia europeia ( Fagus sylvatica ).

16. A fosforilação de nitrilases mediada por CERK1 ativa a biossíntese de auxina e promove resistência a Botrytis cinerea 💰
Zheng, J. et al. · A célula vegetal · 1 publicação · 12 curtidas · 4 republicações em Bluesky

Neste estudo, identificamos as nitrilases NIT1, NIT2 e NIT3 como componentes-chave da biossíntese de auxina durante a infecção. Após a percepção da quitina, a CERK1 associa-se às nitrilases e as fosforila para estimular a conversão de indol-3-acetonitrila (IAN) em ácido indol-3-acético (IAA), ativando assim a sinalização da auxina e promovendo resistência à B. cinerea.

17. A evolução estrutural de LEAFY revela cooperatividade mediada por DNA e mudanças na dimerização durante a transição da água para a terra. 💰
Verhage, L. et al. · planta molecular · 1 publicação · 8 curtidas · 5 republicações em Bluesky

Neste trabalho, combinamos a determinação estrutural experimental e ensaios bioquímicos para revelar como as preferências de dimerização e ligação ao DNA da LFY se alteraram durante a transição da água para a terra. Apresentamos estruturas cristalinas do domínio de ligação ao DNA (DBD) da LFY da antócera. Nothoceros aenigmático e a alga Interfilum paradoxumligado ao DNA, demonstrando dois mecanismos distintos de dimerização: um mediado por interações diretas proteína-proteína e outro impulsionado pela cooperatividade mediada pelo DNA.

18. O módulo ZmBBM2-BBIP1-RCC1-4 melhora o crescimento de calos e a eficiência da transformação genética em milho.
Fu, Q. e outros. Fisiologia vegetal · 1 publicação · 7 curtidas · 5 republicações em Bluesky

BABY BOOM (BBM) codifica um fator de transcrição AP2 pertencente à subfamília AINTEGUMENTA-LIKE (AIL) e é amplamente reconhecido como um regulador mestre da embriogênese. Em milho, a expressão ectópica de ZmBBM melhora significativamente a eficiência da transformação genética em múltiplas linhagens endogâmicas. De forma semelhante, a superexpressão de outro homólogo de BBM em milho, ZmBBM2, promove a rápida proliferação de calos e aumenta consideravelmente a eficiência da transformação em germoplasma de elite.

19. Funções não defensivas de metabólitos especializados de plantas: fenômenos ecológicos, mecanismos moleculares e implicações evolutivas.
Carley, LN · New Phytologist · 1 publicação · 7 curtidas · 5 republicações em Bluesky

Os modelos para o estudo da química vegetal frequentemente partem do pressuposto de que a evolução dos compostos químicos de defesa é moldada principalmente por herbívoros. No entanto, há evidências crescentes de que a variação desses compostos também influencia diversas funções e interações não relacionadas à defesa. Esses efeitos correlacionados são generalizados e podem surgir de uma diversidade de mecanismos moleculares subjacentes, que variam da pleiotropia à regulação compartilhada e à seleção natural correlacionada no passado.

20. Torne isso realidade: Sequenciamento de plasmídeos rápido e acessível em plataformas ONT com PICARD-seq
Wolters, R. et al. · bioRxiv · 1 publicação · 12 curtidas · 3 republicações em Bluesky

A construção de plasmídeos é fundamental para a biologia molecular e a biologia sintética, mas a validação geralmente se limita ao fragmento inserido, em vez do plasmídeo completo, e cerca de um terço dos plasmídeos produzidos em laboratório apresentam erros de sequência que podem afetar sua função. O sequenciamento de Sanger apresenta baixa escalabilidade em plasmídeos inteiros, enquanto as abordagens de sequenciamento de leitura curta não conseguem resolver as partes repetidas do DNA, como promotores, que são comuns em construções sintéticas. Apresentamos o PICARD-seq, um protocolo rápido baseado em nanoporos que utiliza reagentes de código de barras rápidos Tn5 disponíveis comercialmente e um MinION para sequenciar conjuntos de plasmídeos inteiros em menos de um dia, e avaliamos sistematicamente os fluxos de trabalho computacionais disponíveis para análise dos dados resultantes.

Imagem de capa: Paraleucobryum enerve by Stefan Gey / iNaturalista CC BY-NC