Fungos micorrízicos são necessários para a germinação e estabelecimento de mudas em orquídeas, portanto associações podem estar envolvidas na determinação da hibridação entre as espécies. jacquemyn et ai. mostram que em três espécies do gênero Orquídea (O. antropofora, O. militaris e O. purpurea) sementes originárias de cruzamentos híbridos germinam prontamente no campo, e os protocormos apresentam sobreposição em associações micorrízicas com seus respectivos pais. Assim, as associações parecem contribuir pouco para o isolamento reprodutivo nessas espécies.