A codificação de computadores está se tornando uma habilidade cada vez mais importante na pesquisa biológica. Scripts personalizados escritos em linguagens de programação de computador estão permitindo que os ecofisiologistas de plantas modelem os processos das plantas e ajustem os modelos aos dados usando técnicas estatísticas avançadas. A codificação permite análises consistentes, reprodutíveis, transparentes e escaláveis ​​de dados científicos, minimizando ao mesmo tempo as horas de trabalho humano em comparação com o uso de software pré-empacotado. No entanto, muitos ecofisiologistas carecem de educação formal em programação. Como resultado, a maioria das análises ecofisiológicas publicadas ainda dependem de métodos baseados em planilhas, em vez de código de computador. Estes são muitas vezes demorados, subjetivos e propensos a erros. Por exemplo, alterações enigmáticas nas planilhas podem ocorrer ao longo do tempo sem um registro das alterações, levando potencialmente a erros compostos. Além disso, as ferramentas de planilha frequentemente quebram, exigindo que uma planilha nova e inalterada seja usada para cada análise.

O pacote {photosynthesis} R foi criado por Stinziano et ai. seguindo seus oito princípios de codificação resiliente. Crédito da imagem: Stinziano et al.

Em seu novo artigo Editor's Choice publicado na AoBP, Stinziano et ai. identificar oito princípios para ajudar os ecofisiologistas de plantas sem muita experiência em programação a escrever código resiliente. Esses princípios são ilustrados usando um novo pacote de software R chamado {photosynthesis}. O objetivo desses princípios é promover a descoberta científica em ecofisiologia vegetal, facilitando o uso de código para simulação e análise de dados, reproduzindo resultados e incorporando rapidamente novos conhecimentos biológicos e ferramentas analíticas.

Stinziano et ai.Os princípios de codificação resiliente cobrem (i) nomenclatura padronizada, (ii) consistência no estilo, (iii) maior modularidade/extensibilidade para edição e compreensão mais fáceis, (iv) escalabilidade de código para aplicação em grandes conjuntos de dados, (v) contingências documentadas para manutenção do código, (vi) documentação para facilitar a compreensão do usuário, (vii) tutoriais extensos e (viii) teste de unidade e benchmarking. O pacote {photosynthesis} implementa esses princípios para troca gasosa e ajuste e modelagem de curvas hidráulicas. Os autores destacam que a adoção de alguns ou de todos os seus princípios melhorará a reprodutibilidade do código e ajudará no avanço da descoberta científica, sem prescrever rigidamente como os ecofisiologistas de plantas devem fazer seu trabalho. Seguindo em frente como uma comunidade, Stinziano et ai. argumentam que devemos adotar um conjunto de princípios e diretrizes de codificação para criar um código tão flexível quanto a biologia que estudamos. Eles afirmam, “será mais fácil para novos estagiários e programadores iniciantes aprender, entender e escrever código para a comunidade; e será mais fácil adaptar o código existente aos nossos projetos.”

Para obter mais informações sobre o pacote {photosynthesis} R, visite o pacote Repositório GitHub.

ARTIGO DE PESQUISA

Stinziano, JR, Roback, C., Sargent, D., Murphy, BK, Hudson, PJ, Muir, CD, 2021. Princípios de codificação resiliente para ecofisiologistas vegetais. AoB PLANTS. https://doi.org/10.1093/aobpla/plab059