Se você acha que estou perdendo o foco com algumas das palestras, então prepare-se. Normalmente, eu cubro artigos de genômica muito lentamente.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=401https://twitter.com/plantspplplanet/status/1169589147276894210
Ana Caicedo abriu olhando para arroz de ervas daninhas ou arroz vermelho. É um concorrente do arroz cultivado e reduz os rendimentos. Possíveis progenitores de arroz com ervas daninhas podem ser o arroz selvagem pré-domesticado ou manchas de arroz domesticado. O que Caicedo descobriu é que o arroz com ervas daninhas é um exemplo de evolução recorrente. Continua voltando do arroz domesticado com relativamente poucas mudanças genéticas necessárias para o surgimento de características de ervas daninhas. É um exemplo de desdomesticação.
https://twitter.com/zoemig/status/1169592619401469952
As plantas que chamamos de arroz daninho convergem em características semelhantes. Caicedo concentrou-se na quebra de sementes. É uma característica útil das ervas daninhas. É algo que é criado a partir de arroz domesticado. O ressurgimento do estilhaçamento não é uma reversão de um alelo domesticado. Eles a desenvolveram de novas maneiras.
A quebra no arroz depende da formação de uma zona de abscisão. É onde o grão se desprende quando cai. Todo arroz daninha forma uma zona de abscisão. O estado ancestral difere entre os grupos de arroz daninho. Mesmo com uma zona de abscisão, o arroz cultivado não quebra e o arroz daninho sim.
https://twitter.com/GlobalPlantGPC/status/1169593569440665603
Caicedo e seus colegas estão cruzando ervas daninhas com culturas ancestrais e vendo o que acontece. Eles podem rastrear QTLs e descobrir que eles não combinam entre os cruzamentos, então parece que genes diferentes estão provocando a quebra. Eles também descobriram que diferentes genes foram expressos, apoiando suas descobertas.
Isso significa que quebrar é algo que o arroz acha muito fácil de re-evoluir. Como Os alelos adaptativos às ervas daninhas se originam por meio de vários mecanismos, vai ser um problema difícil de combater.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=1543
Palestra de Richard Buggs
https://twitter.com/plantspplplanet/status/1169593894708948992
Seguindo isso foi Richard Buggs em genômica para futuras árvores. “Assim como precisamos de mais árvores no mundo, estamos perdendo árvores.”
Como conseguimos mais árvores? Buggs analisa a domesticação do trigo e a compara com a criação de árvores. “A criação de árvores está no Neolítico.” Este é um problema bem conhecido com tempos de geração difíceis para experimentação. As cinzas precisam de 10 anos para se reproduzir e 30 anos para crescer e colher madeira. Onde as cinzas têm uma vantagem é que seu genoma tem apenas um décimo oitavo do tamanho do trigo.
https://twitter.com/JessBTurner/status/1169593882499153922
Ele falou sobre três experimentos, todos no prelo. Um era um GWAS, com DNA de árvores doentes. Ele não conseguiu obter DNA de árvores mortas, então as mais suscetíveis não estavam na pesquisa, mas ele conseguiu árvores que estavam tão ruins quanto poderiam ser. Parecia que eles haviam encontrado genes que ajudaram a combater a morte das cinzas. Usando o genoma, eles tentaram prever a saúde de uma árvore a partir de seu DNA. Com apenas 200 SNPs, eles chegaram a 90% de precisão.
https://twitter.com/zoemig/status/1169595563576352768
Ele também analisou a filogenômica da convergência em relação à broca esmeralda do freixo. As árvores asiáticas são muito melhores em matar as larvas do besouro. Estudando os genes e mapeando isso para a suscetibilidade dos freixos. Eles encontraram três galhos que levaram à resistência à broca do freixo esmeralda. Isso deu esperança de encontrar uma evolução convergente que leva à resistência de insetos no desenvolvimento de defesas químicas. Quinze genes foram candidatos à detecção e sinalização de respostas de defesa.
https://twitter.com/JessBTurner/status/1169596456769970176
Finalmente, há os estudos da Associação Genoma-Ambiente. Ele estava trabalhando com James Borrell em bétula para isso. Eles tentaram procurar correlações entre SNPs e ambientes. Se for possível encontrar fósforos, abre-se a possibilidade de movimentar as sementes para ajudar na adaptação local.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=2753
Palestra de Andrew Groover
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169598421373784064
André Groover veio a seguir para falar sobre variação de característica em Populus. A variação genética é a base da adaptação de uma espécie, o que importa se o seu clima está mudando. A maioria das características comercialmente importantes são quantitativas. Groover disse que a variação mais importante do ponto de vista ecológico também é quantitativa.
https://twitter.com/zoemig/status/1169598981166551041
Embora você possa interrogar os dados genéticos, ainda há uma lacuna em ir aos genes para o fenótipo. Groover apontou que parte disso ocorre porque você precisa considerar como os genes interagem uns com os outros. A variação do número de cópias pode aumentar a variação, alterando os alvos dos genes. Adicionar ou excluir cópias (um pouco como poliploidia parcial - eu acho) pode adicionar variação para estudo em uma população. Isso poderia explicar muita variação na fenologia, mas menos na biomassa.
Populus as folhas têm uma variação extraordinária. Em algumas espécies do deserto, isso pode mudar com a estação para garantir a adequação ao ambiente. Observar a dosagem de genes nas folhas é uma forma de identificar os genes responsáveis por certos fenótipos.
Groover olhando de perto o transporte de água em madeira, onde não só a quantidade de madeira, mas também a morfologia das células condutoras de água são modificadas em resposta às condições ambientais. No entanto, também há um forte elemento herdado.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=4154
Palestra de Katherine Denby
https://twitter.com/plantspplplanet/status/1169604810531905536
Katherine Denby vem trabalhando no melhoramento genético de vegetais folhosos. Juntamente com os problemas habituais de sub e supernutrição, Denby destacou o problema da falta de micronutrientes, como a vitamina A.
https://twitter.com/zoemig/status/1169604975447748609
https://twitter.com/KatieField4/status/1169605710528880640
Ela abriu com alface como um problema. Existem alguns patógenos fúngicos que normalmente causam perdas de 10%, mas podem ser muito maiores. Os fungos podem desenvolver resistência a fungicidas rapidamente. Eles são um alvo difícil, pois não há resistência de um único gene contra os patógenos.
A equipe tentou a triagem direta da rede para identificar os genes-chave. Isso usa dados de séries temporais do transcriptoma. O estudo analisou as primeiras respostas para ver como a planta respondia. A equipe de Denby também analisou a expressão do gene no patógeno, para ver como ele reagia às defesas. Eles descobriram que a superexpressão de genes hub de rede fornece resistência a doenças em alface.
Eles também analisaram a diversidade da alface em busca de fontes de genes. Os parentes silvestres parecem ter melhor resistência a Botrytis. Embora você possa identificar padrões em QTLs, não pode passar imediatamente para os genes.
https://twitter.com/plantspplplanet/status/1169608415435530241
Outro projeto que Denby tem é trabalhar com vegetais folhosos africanos, em particular amaranto. Existem cerca de 60 espécies, mas isso está em debate. Eles são ricos em vitaminas e minerais e crescem na maior parte do sul da África. São plantas resistentes, C4, com tolerância à seca e populares como fonte de sabor. Mas conforme as pessoas se mudam para as cidades, elas desistem de comê-lo.
Denby está tentando encontrar maneiras de melhorar o amaranto e incentivar os pequenos proprietários a cultivar a planta em vez de apenas colhê-la. Ela começou observando a diversidade do amaranto e observando a eficiência do uso da água e a eficiência nutricional do uso da água. Isso significa que as plantas mantêm seu valor nutricional quando em condições de seca. Também é necessário que a planta tenha um sabor agradável.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=5407
Palestra de Zoë Migicovsky
https://twitter.com/trnsitionalform/status/1169609867075739648
O último orador foi Zoe Migicovsky sobre a genômica da domesticação da maçã.
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169610224048779264
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169610901525151745
Malus domestica Acredita-se que foi domesticado a partir de M. sieversii, embora existam diferenças genéticas significativas, devido à introgressão de outras espécies como a macieira europeia. Olhando para os genes, a maçã silvestre tem uma influência mais forte sobre as maçãs cidras do que as maçãs comestíveis.
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169611233856823297
Ela tem pesquisado sobre cores. No início deste ano, pesquisadores descobriram uma associação entre um retrotransposon e a cor vermelha. Ela encontrou seleção na mesma região do genoma.
https://twitter.com/dawngarden/status/1169612044712251397
Outro estudo foi sobre maçãs firmes e macias, é difícil dizer, mas pode ter havido alguma seleção para maçãs mais firmes. Diversidade alélica de NAC18.1 é um dos principais determinantes da firmeza do fruto e data de colheita em maçã.
Maçãs são propagadas clonalmente. Tomando estacas e enxertia, há muito pouca ou nenhuma variação genética em cultivares de maçã. A variação acontece em ramos em botões, e estes podem ser selecionados. Embora pareçam diferentes, são quase geneticamente idênticos.
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169613287895572481
Um tanto surpreendente é que nove das dez principais maçãs estão intimamente relacionadas. Migicovsky apresentou um diagrama de cultivares de maçã conectadas por seus parentes de primeiro grau. Você pode ficar entre a maioria das cultivares populares em apenas uma ou duas etapas. O outlier é Honeycrisp, uma maçã que ainda não decolou na Europa. Se você quer uma maçã diversificada, escolha Honeycrisp.
Há muito trabalho a ser feito. Há mil acessos na coleção de maçãs da Nova Escócia. Você pode seguir Zoë Migicovsky no Twitter em @Zoemig.
