Muitas vezes, assume-se que a variegação foliar se deve à falta de clorofila ou à presença de pigmentos especiais em seções de uma folha, mas também pode resultar da variação estrutural da folha. Sheue et al. mostram que a variegação foliar natural em seis espécies e uma cultivar de Begônia deve-se a espaços aéreos acima do clorênquima, situados abaixo da epiderme adaxial ou abaixo do tecido adaxial de armazenamento de água. O funcionamento fotossintético é retido nas áreas claras das folhas, e essas áreas não incluem nervuras primárias, limitando potencialmente os custos da variegação.
