Avaliações da filogenia da classe de algas verdes Chlorophyceae usando marcadores únicos padrão, como 18S rRNA e rbcL, geralmente não conseguiram igualar as árvores robustas produzidas a partir de análises de dados genômicos de cloroplastos. Buchheim et ai. estudam as ordens Chaetophorales, Oedogoniales e Chaetopeltidales e demonstram que a análise da estrutura da sequência de ITS2 produz resultados que são amplamente congruentes com os dos dados genômicos. A técnica, portanto, fornece um suplemento econômico ou alternativa para as abordagens de marcador único usadas na filogenia de algas verdes.