O método da Domínio Indeterminado (IDD) proteínas são uma subclasse específica de plantas de fatores de transcrição C2H2 Zinc Finger. Alguns desses fatores de transcrição desempenham papéis em diversos aspectos do metabolismo e desenvolvimento da planta, porém a função da maioria dos genes IDD é desconhecida e a evolução molecular da subfamília não foi explorada em detalhes. Prochetto e Reinheimer extraíram sequências genômicas disponíveis de plantas verdes (Viridiplantae) para reconstruir a filogenia e, em seguida, descreveram os motivos/padrões de expressão dos genes IDD.

Imagem: canva.

Os autores identificaram o conjunto completo de genes IDD de 16 genomas de Streptophyta. Eles descobriram que IDD e seu clado irmão STOP surgiram por uma duplicação na base de Streptophyta. Uma vez em terra, os genes IDD se duplicaram extensivamente, dando origem a pelo menos dez linhagens. Algumas dessas linhagens foram perdidas em plantas avasculares e gimnospermas existentes, porém todas foram retidas em angiospermas, duplicando-se profundamente em dicotiledôneas e monocotiledôneas e adquirindo, ao mesmo tempo, surpreendente heterogeneidade em suas regiões C-terminais e padrões de expressão.

IDD estavam presentes no último ancestral comum de Streptophyta. Em terra, o IDD duplicou extensivamente originando dez linhagens. Mais tarde, as IDD foram recrutadas pelas angiospermas, onde se diversificaram muito em número; C-terminal e padrões de expressão que acompanham aspectos importantes da evolução do corpo da planta. Este estudo fornece uma estrutura sólida das relações ortológicas de fatores de transcrição IDD de plantas de terra verde, aumentando assim a precisão da identificação ortóloga em espécies modelo e não modelo e facilitando a identificação de genes agronomicamente importantes relacionados ao metabolismo e desenvolvimento vegetal.