Todos sabem que é importante ter as ferramentas certas para o trabalho, seja para coletar plantas no campo para pesquisa científica ou para cozinhá-las na cozinha para o jantar. O mesmo se aplica à digitalização: converter objetos físicos em dados e imagens que podem ser armazenados digitalmente. Nos últimos anos, tem havido um esforço para que as coleções de história natural e de museus sejam digitalizadas. As coleções de museus biológicos abrigam organismos coletados por exploradores, alguns com séculos de idade, de todo o mundo. Embora algumas dessas curiosidades possam ser exibidas ao público em exposições, a grande maioria ficará nos bastidores, aguardando seu momento de brilhar. 

A digitalização oferece a oportunidade de catalogar minuciosamente cada artefato, incluindo todas as informações que o acompanham, como etiquetas relativas à sua origem e identidade. Documentar digitalmente uma coleção de objetos físicos dessa forma é uma salvaguarda contra eventos catastróficos, como... incêndio que devastou o Museu Nacional do Brasil em 2018, ou objetos que desaparecem, como o Experiência no Museu Britânico em 2023Além da supervisão que proporciona ao acervo, a digitalização torna as coleções acessíveis a quem não pode viajar para vê-las pessoalmente e cria novas oportunidades para pesquisa e arte em uma escala impraticável sem um repositório de dados e imagens digitais. Então, como se faz para digitalizar uma coleção botânica? 

A Botany One conversou com a Dra. Heather Cole, Gerente de Dados de Biodiversidade das Coleções Biológicas da Agricultura e Agroalimentação do Canadá (AAFC). Cole está ativamente envolvida na promoção e no apoio à digitalização das coleções e biorrecursos da AAFC, incluindo o desenvolvimento e a implementação de padrões para captura, armazenamento e compartilhamento de imagens e dados. Durante os seis anos de existência da AAFC, a agência tem se dedicado a promover e apoiar a digitalização de suas coleções e biorrecursos, incluindo o desenvolvimento e a implementação de padrões para captura, armazenamento e compartilhamento de imagens e dados. Coleções Biológicas e Mobilização de Dados No projeto, Cole e sua equipe fotografaram até 2,000 espécimes de herbário por dia, totalizando mais de 600,000 espécimes fotografados ao longo do projeto. 

A digitalização muitas vezes começa com uma pergunta aparentemente simples: como capturar a amostra inicialmente? Que equipamentos e softwares foram usados ​​para a digitalização?

Considero a digitalização em duas grandes categorias: captura de imagens e transcrição de dados. DAO (Na Coleção Nacional de Plantas Vasculares da AAFC), utilizamos duas configurações diferentes para a obtenção de imagens de espécimes de herbário. Uma delas é um sistema de esteira transportadora de alta capacidade fabricado por Digitalização do Bioshare, que inclui software integrado para automatizar a esteira e a câmera. Utiliza uma lente macro de 50 mm com uma câmera Canon EOS 5DS R ou Nikon Z7 II.

O outro processo, baseado no modelo do Jardim Botânico de Nova York, é uma abordagem manual com "caixa de luz". Utiliza-se uma câmera que fotografa através de um orifício na parte superior de uma caixa de mesa, iluminando a amostra por cima e por três lados. Para as caixas de luz, utilizamos câmeras Canon EOS 5D Mark II/III com uma lente macro de 50 mm montada em um tripé. Configurações semelhantes podem ser replicadas com uma boa iluminação ambiente. Atualmente, o herbário do DAO utiliza Especificar como seu sistema de gerenciamento de acervo. Sempre que possível, os dados dos espécimes são transcritos diretamente para o banco de dados; caso contrário, utilizamos planilhas, seguindo os padrões Darwin Core para estrutura de dados.

Mas capturar a imagem é apenas o começo. Depois que os espécimes são fotografados ou digitalizados, o verdadeiro valor da coleção digital depende de como os dados são estruturados, verificados, vinculados e tornados reutilizáveis. Como você gerenciou os dados, incluindo metadados e garantia de qualidade?

Esses aspectos da digitalização são desafiadores. Requerem ferramentas, conhecimento especializado e tempo, que nem sempre estão disponíveis, e pode ser difícil encontrar o equilíbrio entre integrar os recursos existentes com os estados futuros ou ideais. Para nossos processos de imagem, realizamos uma calibração de cores em cada estação de trabalho para garantir que as cores das amostras sejam o mais próximas possível da realidade, mas, para otimizar nossos fluxos de trabalho, não ajustamos as configurações da câmera para cada amostra diferente. Uma revisão visual de cada imagem pode ajudar a detectar problemas de qualidade. Incorporamos a propriedade, os direitos autorais e o licenciamento da AAFC nos metadados de cada arquivo de imagem, que também incluem as configurações da câmera usadas para a foto, bem como a data e o nome da pessoa que acessou o equipamento. Para a transcrição de dados, oferecemos treinamento sobre como interpretar os dados dos rótulos e verificações pontuais são realizadas por técnicos seniores. Ao importar dados de planilhas para nosso banco de dados, as verificações de qualidade incluem a revisão da ortografia para taxonomia e geografia, bem como a formatação de datas e coordenadas geográficas. Com os dados das amostras, registramos o nome da pessoa que transcreveu os dados, a data da transcrição e o protocolo ou projeto relevante. Em nosso sistema atual, ciência cidadã Nos fluxos de trabalho, três voluntários diferentes transcrevem as informações de cada amostra, o que melhora significativamente a confiabilidade na qualidade dos dados.

Fluente em inglês e francês, Cole é entusiasta em promover a tomada de decisões baseada em dados e fomentar uma cultura de inovação em seu grupo. O que você gostaria de ter sabido antes de começar a digitalizar sua coleção?

Não use planilhas para transcrição de dados! Pode parecer a solução mais simples, mas, a menos que você tenha pessoas dedicadas e softwares específicos para revisar, limpar e importar dados para um banco de dados, isso rapidamente se torna um problema. Existem muitos softwares gratuitos de gerenciamento de acervos disponíveis, e até mesmo um banco de dados de uso geral pode ser configurado para atender às suas necessidades. Embora escolher, configurar e aprender a usar um sistema adequado possa levar mais tempo inicialmente, os benefícios são enormes. Bancos de dados ou sistemas de gerenciamento de acervos desenvolvidos especificamente para esse fim oferecem funcionalidades de gerenciamento de dados mais confiáveis, consistentes e escaláveis, facilitando a manutenção e o acesso aos seus dados à medida que seus esforços de digitalização crescem.

Com toda essa experiência, Cole defende as melhores práticas para a gestão de dados digitais e implementou projetos de ciência cidadã bem-sucedidos que continuam a ampliar o acesso às informações sobre biodiversidade da AAFC. Seus esforços na gestão de direitos autorais e licenciamento têm promovido ainda mais a administração responsável dos ativos de dados da AAFC. Além disso, seu compromisso com iniciativas de Dados Abertos e Ciência Aberta reflete sua dedicação à transparência e à colaboração na pesquisa científica.

O conselho de Cole traz a digitalização de volta aos seus fundamentos: boas imagens são importantes, mas bons sistemas são igualmente importantes. Um projeto de digitalização bem-sucedido precisa de equipamentos adequados à coleção, padrões de dados que tornem os registros reutilizáveis ​​e fluxos de trabalho que possam continuar crescendo sem se transformarem em um labirinto de planilhas. Quando bem feita, a digitalização não se resume a fotografar espécimes. Trata-se de tornar as coleções mais fáceis de gerenciar, compartilhar, estudar e proteger a longo prazo.

Perfil do Escritor Convidado

Magda (ela/dela) é uma ecologista britânica/polonesa que atualmente reside em Londres, Reino Unido. Com formação em ecologia de campo, ela migrou para a digitalização e curadoria de herbários em 2023. Essa trajetória a levou do Jardim Botânico Real de Kew ao Instituto Botânico do Sul de Londres, e ela ingressará no Trinity College Dublin neste outono.

Imagem da capa: Um exemplar de Dombeya burguesia do herbário de Kew que passou por digitalização (http://specimens.kew.org/herbarium/K004979670)