Nos últimos anos, um número crescente de longos RNAs não codificantes (lncRNAs) foi identificado em humanos, animais e plantas, e vários deles demonstraram desempenhar papéis importantes em diversos processos biológicos. No entanto, pouco trabalho foi realizado sobre o mecanismo de regulação da biogênese e expressão de lncRNA, especialmente em plantas. Comparado com estudos de genes codificadores do fator de transcrição MADS-box do tomate MADS-box RIPENING INHIBITOR (RIN), há poucos relatos sobre sua relação com RNAs não codificantes. O objetivo do presente estudo foi identificar e explorar o papel específico dos lncRNAs alvo de RIN no desenvolvimento e amadurecimento de frutos de tomate.

Representação esquemática do modelo proposto para um mecanismo regulador da maturação de frutos de tomate
Representação esquemática do modelo proposto para um mecanismo regulador do amadurecimento do fruto do tomate. As setas de linha inteira indicam que o RIN regula o amadurecimento do fruto pelo etileno via ACS4 e genes alvo relacionados ao amadurecimento. A seta de linha pontilhada indica que o mecanismo regulador dos lncRNAs durante o amadurecimento do fruto não está claro.

Alvos de lncRNA de RIN foram identificados por sequenciamento de imunoprecipitação de cromatina (ChIP-seq) combinado com análise de sequenciamento profundo de RNA. Yu et al. identificaram 187 lncRNAs como alvos diretos de RIN, que exibiram sítios de ligação de RIN em seus promotores e mostraram expressão diferente entre o tipo selvagem e o mutante rin. Seis lncRNAs alvo demonstraram se ligar diretamente ao RIN em seus promotores in vivo e in vitro. Além disso, o uso da tecnologia CRISPR/Cas9 para derrubar o locus do alvo lncRNA2155 indicou que ela atrasou o amadurecimento do fruto no tomate.

Coletivamente, essas descobertas fornecem uma nova visão sobre o RIN na regulação transcricional de lncRNAs e sugerem que os lncRNAs contribuirão para uma melhor compreensão da rede regulatória do RIN que controla o amadurecimento da fruta.