Além das duas espécies cultivadas para o café, Coffea arabica e C. canéfora, o gênero possui mais 123 espécies silvestres, das quais 112 são nativas da África e das ilhas do Oceano Índico. Razafinarivo et al. avaliar a diversidade genética de 728 indivíduos, representando 60 espécies dessas áreas-chave da diversidade de espécies, usando 13 marcadores microssatélites nucleares. Além de uma boa relação entre as delimitações morfo-taxonómicas das espécies e as unidades genéticas, eles encontram um padrão geral de genótipos que vão de oeste a leste em toda a África e nas ilhas do Oceano Índico, sem sobreposição entre as espécies das duas áreas principais. Madagascar parece representar um local de significativa diversificação em termos de riqueza alélica e diversidade de espécies.
