Os mapas de ligação genética continuam sendo ferramentas muito importantes para a descoberta de genes em muitas espécies de plantas. Embora existam vários mapas genéticos para o azevém perene, tem sido difícil integrar os dados entre os estudos devido à falta de uma sequência de genoma de referência e marcadores genéticos comuns.

Exemplos de genótipos gráficos dos cromossomos 2 e 3 (A) antes e (B) depois da correção do erro de genótipo.
Exemplos de genótipos gráficos dos cromossomos 2 e 3 (A) antes e (B) depois da correção de erros de genótipo. O eixo x consiste nas chamadas de genótipo dos indivíduos e o eixo y consiste nos marcadores ordenados por posição no mapa cromossômico. A cor azul representa o alelo do avô paterno, rosa do avô materno e amarelo o estado heterozigoto. Imagem de Velmurugan et al. (2016).

Velmurugan et al. desenvolveram um denso mapa genético baseado em SNP de uma população de mapeamento de referência de azevém usando genotipagem por sequenciamento. Todos os marcadores no mapa genético estão ancorados em um rascunho da sequência do genoma de um dos avós da população F2; assim, estudos genéticos futuros usando a população serão comparáveis.