Lathyrus japonicus geralmente habita as praias. No entanto, também cresce perto das margens de um lago interior (Lago Biwa, um antigo lago de água doce japonês) onde se supõe que tenha estado isolado por muito tempo. O impacto deste isolamento de longo prazo nas estruturas filogeográficas e populacionais é descrito. Isso revela baixa diversidade genética devido ao efeito gargalo. Implicações para essas populações cada vez menores do interior e sua conservação são discutidas neste livre—documento de acesso aberto.