O site Quantitative Plant foi desenvolvido para ajudar pesquisadores que precisam analisar plantas a encontrar o conjunto de dados de imagem, a ferramenta ou o modelo matemático adequados para sua pesquisa.

O que em 2013 foi apenas um banco de dados de análise de imagens de plantas tornou-se um banco de dados abrangente de conjuntos de dados públicos para fenotipagem de plantas, ferramentas de software de análise de imagem e modelos para plantas

À esquerda está o logotipo da Quantitative Plant: um círculo com engrenagens, uma folha e um monitor de computador e uma torre dentro. O texto "Planta Quantitativa" é o correto.

Mantido por Guillaume Lobet e Clément Saint Cast, o Planta Quantitativa O site apresenta 180 ferramentas de software de imagem, 31 conjuntos de dados de imagem e 101 modelos de plantas e culturas em março de 2022.

Guillaume Lobet, Professor Assistente em uma posição conjunta entre o Forschungszentrum Jülich e o UCLouvain, é um entusiasta de plantas apaixonado pela Ciência Aberta. Eu perguntei a ele por quê.

“A aquisição de conjuntos de dados é um exercício longo e (às vezes) caro. Compartilhar publicamente um conjunto de dados pode diminuir seu custo e, ao mesmo tempo, aumentar sua reprodutibilidade e uso posterior. Os repositórios de dados e o surgimento de periódicos de dados podem até ajudar a obter mais citações. A reprodutibilidade é crítica, portanto, não apenas os dados devem ser abertos, mas também o software e o modelo matemático. Os repositórios de código podem impedir que o software e as ferramentas acadêmicas pereçam depois que o financiamento e os incentivos acabarem. Ele oferece mais chances de manutenção de longo prazo por meio da colaboração e pode ajudar na depuração do código e no controle de versão. Em última análise, cada etapa do processo de pesquisa pode ser aberta e as ferramentas para isso estão disponíveis”, explica Guillaume Lobet.

Quão abrangente é o site Quantitative Plant? Se uma ferramenta está na esfera pública, ela é curada manualmente por Guillaume Lobet e Clément Saint Cast. Se algo estiver faltando, eles aceitam envios.

O banco de dados online não é apenas uma lista de ferramentas e modelos matemáticos. Cada um é apresentado de forma concisa em uma estrutura consistente e é descrito por suas características gerais (por exemplo, parte da planta estudada) e usos (por exemplo, espécies estudadas). Eles são referenciados por um ou mais artigos científicos apresentando suas características ou histórias de sucesso.

Esta informação descritiva permite consultar a base de dados com palavras-chave ou navegar com critérios pré-definidos como o tipo de órgão a analisar, as medições a efetuar, espécies vegetais, tipo de licença e sistema operativo.

Uma captura de tela do site Quantitative Plant. O cabeçalho mostra links para ferramentas de software de imagem, conjuntos de dados de imagem e modelos de plantas e culturas na parte superior. Há também links para API, submit, about e citando o site. Existem 180 ferramentas, 31 conjuntos de dados e 101 modelos atualmente arquivados. Há também uma caixa de texto para realizar pesquisas. O subcabeçalho possui menus suspensos onde podem ser escolhidos o órgão da planta, as medições, o sistema operacional, o tipo de licença e o nível de automação. Abaixo disso, a imagem possui caixas para uma seleção de modelos, incluindo nome, logotipo ou imagem representativa, tipo de órgão da planta, medição, ícones que representam o sistema operacional e ano de inclusão no banco de dados.

“Acreditamos que um recurso público como este fornecerá uma maneira de trocar e comunicar sobre o desenvolvimento de novas ferramentas e modelos, mas também facilitará a colaboração e a conexão entre as comunidades de modelagem e fenômica.”

Para obter um banco de dados abrangente de conjuntos de dados públicos para fenotipagem de plantas, consulte o site Quantitative Plant em https://www.quantitative-plant.org.