As respostas das plantas a estresses ambientais são reguladas por hormônios sinalizadores, como ácido jasmônico, ácido salicílico, etileno e ácido abscísico. Os cientistas de plantas geralmente usam genes marcadores para estudar quais vias de sinalização são ativadas, no entanto, esses marcadores foram projetados e testados para respostas de brotos em Arabidopsis thaliana. Não está claro se os paradigmas baseados em experimentos em órgãos acima do solo de A. thaliana são totalmente transferíveis para brotos e raízes de outras espécies.

Esquema resumido das mudanças nos níveis de fitohormônios e genes marcadores relacionados em brotos e raízes de Brassica rapa após elicitação hormonal local. Crédito da imagem: Papadopoulou et al.

Um estudo recente da Papadopoulou et ai. publicado em AoB PLANTS investigou a dinâmica de regulação de genes marcadores relacionados a hormônios em raízes e brotos da planta não-modelo Brassica Rapa. O estudo mostrou alguns dos marcadores moleculares comumente usados ​​desenvolvidos em A. thaliana não mostrou resposta específica a aplicações de hormônio único em B. Rapa. Além disso, o mesmo gene marcador pode responder de forma diferente à aplicação de hormônios nas raízes e na parte aérea. Esses achados sugerem que as respostas dos genes marcadores podem ser específicas de órgãos e espécies e devem ser interpretadas com cautela. Portanto, é aconselhável combinar análises de múltiplos genes marcadores com as dos níveis de fitohormônios para verificar com mais certeza quais vias de defesa reguladas por hormônios são ativadas.