O gênero Solanum inclui importantes culturas vegetais e seus parentes silvestres. A introgressão de suas características úteis em cultivares de elite requer recombinação efetiva entre hom(e)ólogos, que é parcialmente determinada pela diferenciação da sequência do genoma. Neste estudo Gaeiro et al. compararam as frações repetitivas do genoma de espécies selvagens e cultivadas dos clados da batata e do tomate em um contexto filogenético.

Comparação de similaridade total de leituras de sequência de espécies de Solanum com base na composição de cluster em todas as 13 espécies incluídas neste estudo.
Comparação de similaridade de todos para todos de leituras de sequências de espécies de Solanum com base na composição do cluster em todas as 13 espécies incluídas neste estudo. Os gráficos de barras mostram o tamanho da fração repetitiva do genoma, representada como uma porcentagem de cada genoma. Cores diferentes representam diferentes famílias de repetições. (A) Abundância relativa de repetições intercaladas. (B) Abundância relativa de repetições em tandem. Veja Gaiero et al. 2018 para códigos de espécies.

A abundância repetida e o tamanho do genoma foram correlacionados, e os genomas maiores das espécies no clado do tomate continham uma proporção maior de elementos não classificados. Famílias e linhagens de elementos repetitivos foram amplamente conservadas entre os clados, mas suas proporções relativas diferiram. As repetições mais abundantes foram Ty3/Cigano elementos.

Os perfis repetidos em Solanum parecem ser muito semelhantes, apesar da diferenciação do genoma no nível de colinearidade. A remoção de elementos transponíveis por recombinação desigual pode ter sido responsável por rearranjos estruturais em todo o clado do tomate. A variabilidade de sequência no clado tomate é congruente com a amplificação específica do clado de repetições após sua divergência de S. etuberosum e batatas. A baixa diferenciação entre batata e seus parentes silvestres no nível de repetições intercaladas pode explicar a dificuldade em discriminar seus genomas por técnicas de hibridização genômica in situ.