Viés de uso de códons (também conhecido como viés de códons) é o uso seletivo de trincas de nucleotídeos (códons) para codificar sequências de aminoácidos específicas nos genes codificadores de proteínas de uma espécie. Cada aminoácido em uma sequência pode ser codificado por um (no caso de metionina e triptofano) a seis códons diferentes. As frequências com as quais os códons sinônimos são usados ​​para codificar um aminoácido variam entre os organismos e, às vezes, até mesmo dentro do mesmo organismo.

Os padrões de uso de códons refletem a linhagem e a composição do genoma de uma espécie. Mazumdar et al. investigaram as diferenças entre monocotiledôneas gramíneas e não gramíneas.

Primeiro, os estudos de uso de códons em monocotiledôneas foram revisados. A informação atual foi então estendida em relação ao uso de códons, bem como viés de contexto de pares de códons, usando quatro genomas de monocotiledôneas não-grass completamente sequenciados (Musa acuminado, musa balbisiana, Phoenix dactylifera e Spirodela polyriza) para os quais conjuntos de dados de transcriptoma comparáveis ​​estão disponíveis. As medições foram feitas em relação ao uso de códons sinônimos relativos, número efetivo de códons, códon ótimo derivado e conteúdo de GC e, em seguida, as relações investigadas para inferir as forças evolutivas subjacentes.

Mazumdar et al. identificou códons ótimos, códons raros e contexto de pares de códons preferidos nas espécies de monocotiledôneas não gramíneas estudadas. Em contraste com a distribuição bimodal de GC₃ (conteúdo de GC na terceira posição do códon) em gramíneas, monocotiledôneas não gramíneas mostraram uma distribuição unimodal. O uso desproporcional de G e C (e de A e T) em aminoácidos de dois e quatro códons detectados na análise descarta a hipótese de viés mutacional como uma explicação da variação genômica no conteúdo de GC.

Os códons ideais nessas monocotiledôneas não-gramíneas mostram uma preferência por G/C na terceira posição do códon. Esses resultados apóiam o conceito de que o uso de códons e a composição de nucleotídeos em monocotiledôneas não gramíneas são impulsionados principalmente pela conversão de genes com viés de GC.