Pouco se sabe sobre por que algumas cepas de rizóbios falham em formar associações simbióticas bem-sucedidas com leguminosas. Melino et ai. comparar incompatível (sem N2-fixação) e pouco compatível (N reduzido2-fixação) associações entre quatro genótipos de trevo (trifólio spp.) e quatro cepas de Rhizobium leguminosarum por exemplo. trifólio e avaliar a eficácia simbiótica por uma variedade de medidas. Eles encontraram três respostas principais à incompatibilidade, ou seja, falha na endocitose bacteriana de fios de infecção nas células corticais da planta, diferenciação bacteroide que aborta prematuramente e um pool reduzido de bacteroides funcionais como resultado da senescência prematura. Assim, as respostas de crescimento deficiente das plantas resultantes da nodulação por cepas incompatíveis podem agora ser ligadas a aberrações morfológicas específicas.
