A criação de gado ocupa terras que poderiam ser utilizadas de outras formas. Se a terra pudesse ser melhorada, menos seria necessário para sustentar o gado, mas como fazer isso? Steve Hanley e seus colegas propõem que melhorar a grama do pasto pode ajudar. Se eles pudessem melhorar a digestibilidade, então o gado não precisaria pastar tanto. Eles também argumentam que aumentar o teor de lipídios poderia diminuir as emissões de metano do gado. Em um novo artigo em Annals of Botany os cientistas mostram como mineração de alelos poderia fornecer a resposta.

A equipe examinou os genes do C₄Urócloa espécies (sin. Braquiária) e Megatirso maximus (sin. Panicum maximo). São gramíneas utilizadas como pastagens na África e na América do Sul. Os alelos de perda de função (LOF) estão em alvos gênicos conhecidos que podem melhorar as características dessas gramíneas. Hanley e seus colegas procuraram esses alelos, ou variantes de genes, entre os acessos de Urócloa espécies e Megatirso maximus na coleção do banco de germoplasma do CIAT.

“Desenvolvemos uma nova metodologia para a descoberta de alelos de genes candidatos em uma coleção de acessos diplóides e poliplóides com apenas um rascunho da sequência do genoma para uma espécie diplóide como referência”, escrevem Hanley e colegas. “Nossa abordagem de combinar RNAseq e captura de isca fornece um meio de evitar pseudogenes e resolver complexidades. Como parte do processo, melhoramos os modelos de genes para 18 genes-chave e confirmamos mais dois como precisos no U. ruziziensis genoma v1. Nossa abordagem pode ser adaptada para a descoberta de alelos em outras coleções ou populações de plantas”.

“No futuro, a abordagem de mineração de alelos que descrevemos aqui pode ser aplicada a outros genes e não precisa ser confinada a alelos prejudiciais à função molecular. Por exemplo, genes candidatos subjacentes à apomixia... e resistência à cigarrinha... foram recentemente identificados em Urócloa; com a melhoria da capacidade de prever as consequências das variantes, uma abordagem de mineração de alelos pode ser valiosa. Além disso, para alvos de genes como estes, onde os alelos dominantes podem afetar o fenótipo, a genética de associação de genes candidatos pode ser uma abordagem útil, como aplicada com sucesso para o gene FT e tempo de floração em Lolium perenne… À medida que o conhecimento dos genes melhora, a mineração de alelos de diversos germoplasmas se tornará uma ferramenta cada vez mais poderosa para identificar linhagens que podem ser trazidas de forma benéfica para muitos programas de melhoramento de culturas”.